单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。随着高通量测序技术的发展，全基因组测序技术已被相继纳入食品、药品、饲料等领域新出台的法规、指南当中，基于全基因组序列的SNP分析（WGS-SNP）为微生物菌株水平精准鉴定与分型提供了一种高分辨率的方法。与常用的RAPD、MLST、RFLP等方法相比，WGS-SNP具有分辨率高、数据稳定、便于不同实验室间结果比较等优点，在微生物菌株水平区分、污染菌溯源、菌种遗传稳定性等分析中具有较广泛的应用。