扩增子测序分析以环境样品微生物群体基因组为研究对象，利用通用引物扩增微生物基因组中的一段保守区域（如细菌的16S rDNA基因V3或V4区、真菌的ITS rDNA序列等），将扩增产物进行高通量测序，下机数据质控后与特定数据库比对来获得物种分类信息，从而获得样品的物种种类、菌群结构、系统发育和遗传多样性等信息。扩增子测序分析建立在高通量测序的基础之上，与传统的克隆文库菌群分析相比，具有准确、全面等优点，相较宏基因组测序分析，更快速、成本低，为复杂环境样品中微生物组成及相对丰度分析提供了分析方法。