微生物菌种形态主要包含菌落形态和菌体形态。微生物在一定条件下培养形成的菌落特征，如表面、大小、颜色、边缘、质地、形状、渗出液、可溶性色素等，具有一定的稳定性，是衡量菌种纯度和鉴定菌种类别的重要依据。菌落形态观察是指对菌株在适宜培养条件下形成的菌落特征进行观察和科学描述。
菌体形态特征，包括菌体形状、大小、排列方式、产孢结构等特征，是菌种鉴定的重要参考指标。菌体形态观察是指借助于显微镜对菌株在适宜培养条件下的形态、大小、排列方式、特殊结构及表面特征等进行观察和描述。常见的菌体形态观察方法包括革兰氏染色法（细菌）、芽胞染色法（芽胞杆菌）、插片法（放线菌）、水浸片法（真菌）等，也可通过扫描电镜和透射电镜观察菌体精细结构。
细菌形态
放线菌形态
丝状真菌形态
酵母菌形态
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