宏基因组测序（metagenomic sequencing）

环境微生物是自然界中分布最广、种类最多且数量最大的生物类群，挖掘并利用环境微生物新资源是目前环境微生物研究的重要内容之一。目前，人们对于环境中微生物研究主要建立在纯培养基础上，然而后者往往周期相对长，工作量相对大。近年来，高通量测序技术迅速发展，宏基因组学技术能够避开传统的微生物分离培养方法，以环境样品中全部DNA为研究对象，直接从环境样品中提取总DNA，构建文库并上机测序，通过生物信息学分析获取样品中的微生物的组成、丰度和代谢通路等信息。宏基因组测序分析能够明确样品中的微生物种类与相对丰度，解析差异代谢通路，有助于探究微生物之间、微生物与环境及宿主之间的关系。宏基因组分析目前已广泛应用于食品、化妆品、饲料、家电、临床等领域，为传统发酵食品中微生物结构分析、益生菌产品组成解析、污染菌溯源、肠道微生态研究等提供解决方案。